سيد يونس فرزند سيدمحمدتقي موسوي اردبيلي در سال 1293 يا 1296 ق در اردبيل به دنيا آمد. وي پس از تحصيل مقدمات و سطوح در اردبيل، به زنجان رفت و فقه و اصول را از آخوند ملاقربانعلي زنجاني، عالم بزرگ آن سامان و علوم معقول را از آخوند ملاسبزعلي حكيم آموخت. سيديونس سپس براي ادامه‏ي تحصيل راهي نجف اشرف شد و در حلقه‏ي درس اساتيد نامداري همچون شيخ الشريعه‏ي اصفهاني، فاضل شربياني، آخوند خراساني و علامه سيدمحمدكاظم يزدي جاي گرفت. وي پس از آن به كربلا رفت و از محضر آيت‏اللَّه ميرزا محمد تقي شيرازي بهره جُست. آيت‏اللَّه اردبيلي در سال 1346 ق به اردبيل بازگشت و عهده‏دار امور مذهبي گرديد. از آن پس به مشهد رفت و به دنبال كشتار خونين مسجد گوهرشاد، به همراه عده‏اي ديگر از روحانيون، دستگير، زنداني و سپس تبعيد شد. در اواخر عمر چندي درعتبات بود ولي به علت بيماري به تهران رفت و در آن شهر در 84 يا 81 سالگي درگذشت. پيكر اين عالم رباني را به مشهد منتقل كرده و در آن شهر به خاك سپردند. از آيت‏اللَّه سيد يونس اردبيلي آثاري برجاي مانده كه دوره‏ي كامل فقه، رساله در فروع علم اجمالي و معتقدات القاصر از آن جمله‏اند.